Второй Форум партнеров проходил в Дурбане, Южная Африка, с 1 по 3 июля 2006 года. Электронный форум был важным элементом Форума партнеров. Электронный форум, проведенный в период с января по май 2006 года, предоставил приблизительно 1 350 участникам дополнительную возможность внести свой вклад в обсуждения и предложить Правлению Глобального фонда рекомендации по широкому спектру вопросов стратегического характера.